Нашла в Интернете интересные рассуждения на тему использования факсимиле на счет-фактуре (Блог Аркадия Брызгалина).
Смысл сводится к следующему: "Теперь складывается нелепейшая ситуация, если за директора на счете-фактуре расписался, например, его зам или главбух, то это нормально и в случае спора с налоговиками можно ссылаться на «муромское» постановление Президиума от 20.04.2010 № 18162/09, а если сам директор, вынужденный порой подписывать счета-фактуры целыми пачками, будет вместо ставить эту подпись с помощью факсимиле, то контрагенту о праве на вычет по НДС можно вообще забыть".
Статья длинная, но прочитать советую.